Trước đó, vì lý do sức khỏe, PGS- TS Nguyễn Mạnh Hùng đã viết đơn xin từ nhiệm các chức vụ tại Trường ĐH Nguyễn Tất Thành. Ông là một trong những người đặt nền móng cho sự ra đời ngôi trường mang tên Bác thời thanh niên. Đi lên từ con số không, bằng sự cống hiến hết mình cả về sức lực và trí lực, PGS- TS Nguyễn Mạnh Hùng đã góp phần tạo ra một Trường ĐH Nguyễn Tất Thành với nhiều thành tích vượt trội, trở thành đại học tư thục lớn nhất nhì cả nước. Từ một trung tâm dạy nghề đào tạo cho công nhân ngành may trở thành một trường đại học đa ngành đa bậc học, là nơi học tập của 20.000 sinh viên thuộc 5 khối ngành đào tạo Sức khỏe, Kinh tế, Kỹ thuật – Công nghệ, Xã hội Nhân văn, Nghệ thuật.

Trong suốt 20 năm giữ chức vụ Hiệu trưởng Trường ĐH Nguyễn Tất Thành, PGS-TS Nguyễn Mạnh Hùng đã tận tâm và tận tụy trong vai trò người đứng đầu, không ngừng học hỏi và tiên phong trong lĩnh vực đào tạo. Cá nhân thầy nhận được nhiều danh hiệu cao quý của Đảng và Nhà nước trao tặng như: Huân chương Lao động hạng Nhất và hạng Ba, Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ, Doanh nhân TPHCM tiêu biểu, Doanh nhân Việt Nam tiêu biểu…