Tuy nhiên, hình thức thu phí theo giờ còn nhiều bất cập như phần mềm thu phí còn trục trặc ở một số khâu; thiết bị trang bị cho các đơn vị thu phí hay xảy ra sự cố; công tác phối hợp giữa đơn vị thu phí và lực lượng hướng dẫn còn chưa đồng bộ; đơn vị thu vẫn làm theo cách cũ là làm việc trong giờ hành chính, trong khi đó theo Nghị quyết HĐND TPHCM, việc thu phí diễn ra từ 6 giờ đến 24 giờ nên chưa đảm bảo thời gian thu; một số ngày cuối tuần, một số thời điểm ở một số vị trí không thu phí được.
Đặc biệt, kế hoạch thu cũng không đạt yêu cầu (20 ngày qua chỉ thu được 220 triệu đồng), tức mỗi ngày thu khoảng 11 triệu đồng, tương đương với mức phí thu theo lượt (5.000 đồng) như trước, tỷ lệ thất thoát hơn 50%.
Phó Giám đốc Sở GTVT TPHCM Võ Khánh Hưng cho biết đã đề xuất UBND TPHCM giao Công ty TNHH MTV Dịch vụ công ích Thanh niên xung phong là đầu mối thực hiện việc thu phí tại các bãi đậu ô tô dưới lòng đường.
