Nhiệm vụ của viện là thực hiện sứ mệnh Đại học Quốc gia TPHCM gắn với ĐBSCL, phát huy tổng thể về nguồn lực con người, khoa học công nghệ, tài chính, cơ sở vật chất và các hợp tác quốc tế để thực hiện các nghiên cứu; nâng chất cho hoạt động đào tạo và nghiên cứu của Trường Đại học An Giang nói riêng và miền Tây Nam bộ nói chung.
Trước mắt, viện sẽ kiện toàn bộ máy tổ chức, nhân sự và xây dựng kế hoạch chiến lược tầm nhìn đến năm 2025, 2030, 2045 và chương trình hành động cụ thể; thực hiện những nghiên cứu có hợp tác quốc tế.
