Việc thành lập khu bảo tồn này nhằm giảm thiểu các tác động làm suy giảm chất lượng môi trường sống, ảnh hưởng đến cấu trúc của hệ sinh thái, đa dạng sinh học và nguồn lợi thủy sản của hệ thống đầm phá Tam Giang - Cầu Hai, được xem là vùng đầm phá rộng lớn nhất Đông Nam Á, thuộc địa phận các huyện: Phong Điền, Quảng Điền, Phú Vang, Phú Lộc và thị xã Hương Trà.
