Theo đó, sẽ áp dụng các biện pháp nghiệp vụ như đối chiếu xác minh chứng từ, hóa đơn nguồn gốc hàng hóa mua vào qua các khâu để tránh xuất hóa đơn lòng vòng; kiểm tra thực tế kho hàng, xuất nhập tồn kho hàng hóa, thông tin về giao nhận hàng, chi phí vận chuyển, bốc xếp so với lượng hàng hóa mua vào, bán ra, số lượng ô tô vận chuyển ra vào, nhật ký quản lý hành trình xe vận chuyển, chi phí phát sinh cho phương tiện vận chuyển như hóa đơn xăng xe, phí đường bộ, người điều khiển xe để hạn chế việc mua bán khống hàng hóa.
Cơ quan thuế cũng sẽ kiểm tra, xác minh hàng hóa mua từ các doanh nghiệp không có nguồn nguyên liệu; so sánh hóa đơn, đối chiếu xác minh chứng từ thanh toán; phối hợp với cơ quan hải quan để xác minh nguồn gốc hàng hóa, tờ khai nhập khẩu; phối hợp với cơ quan công an để xác minh các giao dịch kinh tế phát sinh…
Trong hoạt động hoàn thuế năm 2021, ngành thuế đã từ chối hoàn thuế 18.673 tỷ đồng, chiếm gần 10% tổng số tiền đề nghị hoàn; số thuế truy hoàn và xử phạt là 811 tỷ đồng.
