Theo đó, cần xây dựng bộ chỉ tiêu, chỉ số cụ thể về bảo vệ và khai thác nguồn lợi thủy sản cho từng giai đoạn trong thời kỳ quy hoạch (giai đoạn 2021-2030 và 2031-2050); xây dựng phương án tổ chức không gian khai thác thủy sản phù hợp từng vùng biển, khu vực biển, gắn với số lượng tàu cá hoạt động theo nghề, đối tượng khai thác cho từng giai đoạn trong thời kỳ quy hoạch; xây dựng phương án bảo vệ, bảo tồn và phát triển nguồn lợi thủy sản ở từng vùng sinh thái và vùng biển cho từng giai đoạn.
Quy hoạch hệ thống cơ sở dịch vụ hậu cần phục vụ hoạt động khai thác và bảo vệ nguồn lợi trên phạm vi toàn quốc. Xác định vị trí địa lý, ranh giới, diện tích, bản đồ khu vực cư trú nhân tạo cho loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm; loài thủy sản có giá trị kinh tế, khoa học; loài thủy sản bản địa, đặc hữu ở vùng biển; xác định khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn...
