Hầu hết các đoạn sông chảy qua khu vực tập trung đông dân cư và các khu công nghiệp, làng nghề bị ô nhiễm với nhiều mức độ khác nhau. Bên cạnh đó, tình trạng nhiều tổ chức, cá nhân cố tình vi phạm pháp luật về tài nguyên nước và môi trường đã làm nguồn nước bị ô nhiễm không ngừng gia tăng về cả mức độ lẫn quy mô.
Theo đánh giá của Ngân hàng Thế giới, ô nhiễm chất lượng nước có thể làm giảm 4,3% GDP mỗi năm; nếu Việt Nam không áp dụng các giải pháp để giải quyết triệt để vấn đề xử lý nước thải thì GDP sẽ giảm 2,5% vào năm 2035; giải quyết triệt để, GDP sẽ tăng 2,3%.
