Ngoài ông Nguyễn Hồng Trường, cơ quan điều tra còn thực hiện các biện pháp tố tụng đối với 3 người khác.
Trước đó, tháng 9-2019, Thủ tướng Chính phủ quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức xóa tư cách Thứ trưởng Bộ GT-VT giai đoạn 2011 - 2015 và 2016 - 2017 đối với ông Nguyễn Hồng Trường do đã có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác và Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật về Đảng giai đoạn trên.
Ông Nguyễn Hồng Trường, nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải, Chủ tịch hội đồng bán đấu giá quyền thu phí cao tốc thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương Tại Kỳ họp thứ 35 (tháng 4-2019), Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận; Ban cán sự đảng Bộ GT-VT đã vi phạm nghiêm trọng nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, để xảy ra nhiều vi phạm, khuyết điểm trong thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại một số doanh nghiệp thuộc Bộ GT-VT.
Các ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng gồm: Ông Nguyễn Hồng Trường, ông Nguyễn Văn Công, ông Nguyễn Ngọc Đông và ông Nguyễn Nhật cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự đảng và trách nhiệm cá nhân trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công.
Ông Nguyễn Hồng Trường được xác định trong thời gian giữ cương vị Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng, Trưởng ban chỉ đạo đổi mới và phát triển doanh nghiệp Bộ GT-VT, cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự đảng Bộ này.
Bên cạnh đó, ông Nguyễn Hồng Trường cũng chịu trách nhiệm cá nhân về ký các quyết định phê duyệt giá trị doanh nghiệp, phương án cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại nhiều doanh nghiệp, đơn vị thuộc Bộ GT-VT; đề nghị Thủ tướng phê duyệt phương án cổ phần hóa, cho cổ phần hóa... không đúng thẩm quyền, vi phạm các quy định của pháp luật về cổ phần hóa, quản lý vốn tại các doanh nghiệp...
Vi phạm, khuyết điểm của ông Nguyễn Hồng Trường là nghiêm trọng, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng, ngành giao thông vận tải và cá nhân ông.
Ông Nguyễn Hồng Trường, sinh năm 1957, từng làm Phó chủ tịch UBND tỉnh Nghệ An. Tháng 4-2007, ông được Thủ tướng bổ nhiệm giữ chức Thứ trưởng Bộ GT-VT và giữ chức này đến năm 2017.
Ông Nguyễn Chí Thành, nguyên Vụ phó Vụ Tài chính Bộ Giao thông Vận tải, Ủy viên hội đồng bán đấu giá 
Ông Lê Trung Cường, Chuyên viên Vụ Tài chính Bộ Giao thông Vận tải, thành viên Tổ Thường trực giúp việc hội đồng bán đấu giá Việc khởi tố các bị can trên là diễn biến mới nhất trong quá trình Bộ Công an tiến hành điều tra vụ án Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí"; "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi" xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu giá và thu phí tuyến cao tốc thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương.
Sau khi Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn các Quyết định và Lệnh nêu trên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các Quyết định và Lệnh đối với các bị can theo đúng quy định pháp luật.
Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tiếp tục điều tra triệt để, mở rộng vụ án và áp dụng các biện pháp theo luật định để thu hồi tài sản cho Nhà nước.
