Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch TPHCM công bố thí sinh có hộ khẩu tại TPHCM sẽ có 3 mức thu khác nhau gồm: chưa thực hiện tự chủ, khi thực hiện tự chủ đào tạo theo nhu cầu của UBND TPHCM và khi thực hiện tự chủ nhưng không đào tạo theo nhu cầu của thành phố.
Ngay với đối tượng thí sinh này, học phí còn được phân theo các mức tùy ngành đào tạo. Trong đó, mức học phí cao nhất lên tới 30 triệu đồng/năm học/sinh viên dành cho nhóm đối tượng thực hiện tự chủ nhưng không còn đào tạo theo nhu cầu của TP với các ngành: Y đa khoa, Răng - Hàm - Mặt, Dược học, Khúc xạ nhãn khoa, Điều dưỡng, Xét nghiệm y học và Kỹ thuật y học.
Mức học phí cho sinh viên có hộ khẩu tại TPHCM 
Mức học phí dành cho sinh viên không có hộ khẩu tại TPHCM Đại diện nhà trường cho biết, trường vẫn đang chờ UBND TPHCM phê duyệt đề án tự chủ tài chính theo nhóm tự chủ tài chính toàn phần. Do đó, trường công bố các mức học phí áp dụng cho sinh viên trong năm học tới để phụ huynh và thí sinh tham khảo, cân nhắc trong mùa tuyển sinh này. Trong mức học phí đã công bố trên, khi đề án chưa được thông qua trường sẽ thu học phí theo nhóm chưa thực hiện tự chủ.
