Hiện nay công tác bảo vệ môi trường ở làng nghề chưa được quan tâm đúng mức. Rất ít làng nghề có hệ thống thu gom và xử lý chất thải hoặc hệ thống xử lý nước thải, chỉ 16,1% làng nghề có hệ thống xử lý nước thải tập trung đạt yêu cầu; tỷ lệ làng nghề có điểm thu gom chất thải công nghiệp đạt 20,9%.
Nước thải từ làng nghề thường thải trực tiếp ra hệ thống kênh, rạch chung. Nhiều làng nghề có lưu lượng nước thải lớn xả ra các kênh mương vốn làm nhiệm vụ tiêu thoát nước mưa, dẫn đến nước thải không lưu thông, gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng.
