Ngay trong sáng 6-1, Cục Hàng không Việt Nam đã báo cáo các cơ quan có thẩm quyền để phối hợp với các nhà chức trách liên quan của phía Nhật Bản.
Hiện cơ quan chức năng của hai nước đang phối hợp điều tra. Một đường dây nóng đã được thiết lập để Cục Phòng chống khủng bố Bộ Công an phối hợp với cảnh sát Nhật Bản để điều tra, tìm thủ phạm.
Đại diện Vietnam Airlines cho biết, vụ việc xảy ra đã được xử lý đúng theo quy trình ứng phó các tình huống uy hiếp an toàn hàng không, bảo đảm an toàn cho chuyến bay. Trong quá trình điều tra, kế hoạch khai thác các chuyến bay không bị ảnh hưởng, hãng vẫn khai thác bình thường các chuyến bay chở khách thường lệ giữa Việt Nam và Nhật Bản.
Trước đó, ngày 5-1, chuyến bay VN5311 của Vietnam Airlines chở theo 47 hành khách và 15 thành viên phi hành đoàn bị dọa bắn khi vừa cất cánh rời sân bay Narita - Nhật Bản về Việt Nam được 40 phút.
Sự việc xảy ra vào khoảng 11 giờ 10 (giờ địa phương), chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản nhận được cuộc điện thoại từ một đối tượng giọng nam giới tự xưng là người Mỹ, nói tiếng Nhật, với nội dung đe dọa: "Chuyến bay VN5311 tốt nhất là quay lại Narita, nếu không sẽ bị bắn hạ khi bay qua Vịnh Tokyo".
Tổng Công ty Hàng không Việt Nam đã báo cáo vụ việc cho nhà chức trách Nhật Bản, Cục Hàng không Việt Nam và các cơ quan chức năng của Bộ Công an, đồng thời triệu tập cuộc họp của Ủy ban Khẩn nguy và Tiểu ban chỉ đạo phòng chống khủng bố của Tổng Công ty Hàng không Việt Nam.
Trên cơ sở báo cáo của Tổng công ty Hàng không Việt Nam, được sự đồng ý của Phó Thủ tướng thường trực Phạm Bình Minh và Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải, Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo Vietnam Airlines xin phép nhà chức trách hàng không Nhật Bản chuyển hướng máy bay và hạ cánh khẩn cấp xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản.
Sau khi xác định chuyến bay an toàn, không có dấu hiệu bất thường, nhà chức trách và cảnh sát sân bay Fukuoka đã thông báo cho phép chuyến bay VN5311 khởi hành về Hà Nội. Đến 18 giờ 12 (giờ Việt Nam), chuyến bay VN5311 hạ cánh an toàn xuống sân bay quốc tế Nội Bài - Hà Nội.
