Theo Kết luận thanh tra số 1423/TT-TTCP của Thanh tra Chính phủ (TTCP) ngày 4-6-2017, chủ đầu tư của BOT Phước Tượng - Phú Gia là liên doanh Công ty TNHH BOT Hưng Phát, Công ty CP Đầu tư thương mại quốc tế Hà Thành, Công ty CP Đầu tư và Xây dựng Việt Thành, tổng mức đầu tư dự án là trên 1.743 tỷ đồng, thời gian thực hiện từ tháng 7-2013 đến 30-9-2015, phương án tài chính thu hồi vốn cho nhà đầu tư với thời gian thu phí phê duyệt là 19 năm, 2 tháng, 17 ngày.
Tuy nhiên, việc lập, thẩm định, phê duyệt tổng mức đầu tư của Bộ GTVT có một số nội dung sai quy định và chưa phù hợp khiến tổng mức đầu tư tăng sai là 44,64 tỷ đồng; chuyển nhượng quyền vốn góp khi chưa đủ vốn theo tiến độ, chưa góp theo như cam kết và quy định; huy động vốn vay để thực hiện dự án không đúng cam kết tại Hợp đồng BOT (vi phạm khoản 2, Điều 6, Thông tư 03/2011/TT-BKHĐT).
Tại phương án tài chính cũng xảy ra sai phạm khi theo hợp đồng dự án số 11387/HĐ.BOT ngày 24-10-2013 đã không đề cập rõ vị trí trạm thu phí và công nghệ thu phí. Trong quá trình thực hiện dự án, Bộ GTVT và nhà đầu tư đã ký phụ lục điều chỉnh một số nội dung hợp đồng, trong đó bổ sung vị trí trạm thu phí ngoài phạm vi dự án (phía Bắc hầm Hải Vân), nhưng chủ đầu tư không điều chỉnh phương án tài chính của hợp đồng tương ứng nội dung bổ sung về vị trí đặt trạm thu phí ngoài phạm vi dự án.
Qua kiểm tra về phê duyệt, điều chỉnh Dự án, bổ sung phụ lục hợp đồng và kết quả kiểm tra về tổng mức đầu tư xác định sai lệch. Bộ GTVT chấp thuận chuyển trạm thu phí về phía Bắc hầm Hải Vân, không có đường song hành, dẫn đến giá trị doanh thu năm 2016 giữ nguyên không được chiết giảm 60%; điều chỉnh giảm vốn đầu tư theo kết quả kiểm tra tổng mức đầu tư tăng sai trên 44,16 tỷ đồng, loại bỏ thuế VAT, điều chỉnh lưu lượng xe qua trạm thu phí. Từ những điều chỉnh nêu trên, thời gian khai thác thu phí hoàn vốn của hợp đồng phải điều chỉnh giảm từ 19 năm, 2 tháng, 17 ngày xuống còn 8 năm, 6 ngày (giảm 11 năm, 2 tháng, 11 ngày) thu phí.
Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra sai phạm trong quản lý chi phí đầu tư của dự án khi lập, phê duyệt dự toán không đúng chế độ hiện hành với tổng giá trị hơn 50,84 tỷ đồng. Như Báo SGGP số ra ngày 13-8-2016 có bài Trạm thu phí đặt... nhầm chỗ phản ánh, trạm thu phí BOT Phước Tượng - Phú Gia chính thức thu phí từ 0 giờ ngày 12-8-2016 khiến nhiều lái xe bức xúc. UBND thị trấn Lăng Cô (Phú Lộc, Thừa Thiên - Huế) cho biết, ban đầu một số hộ dân kiến nghị về vị trí đặt trạm thu phí Phước Tượng - Phú Gia (TTP) đặt ở Bắc hầm Hải Vân ảnh hưởng đến các hộ dân chuyên tuyến cố định vào Đà Nẵng. Sau đó theo chủ trương của Bộ GTVT, nhà đầu tư thống nhất danh sách hơn 110 phương tiện ô tô chỉ chạy tuyến cố định vào Đà Nẵng của các hộ dân lân cận trạm; hiện các hộ dân trên địa bàn đã thấy hợp lý. Tuy nhiên, những phương tiện tuyến cố định Đà Nẵng - Lăng Cô vẫn phải chịu thiệt thòi vì phải trả phí khi không qua hai hầm nói trên.
