Hiện nay, Bảo tàng đang lưu giữ gần 13.000 hiện vật quý hiếm, trong đó có hơn 2.000 hiện vật văn hóa dân tộc, 4.000 phim, ảnh tư liệu và trên 6.000 hiện vật thuộc lĩnh vực khảo cổ học và lịch sử. Không gian rộng lớn được bố trí thành 3 khu trưng bày chính, gồm:  Văn hoá dân tộc, Lịch sử và Đa dạng sinh học.