Thời kỳ thanh tra từ 2011-2014, tùy tình hình có thể mở rộng về thời gian. Thời gian thanh tra là 60 ngày làm việc thực tế kể từ ngày công bố quyết định. Đoàn thanh tra có nhiệm vụ tiến hành thanh tra theo nội dung quy định và kế hoạch tiến hành thanh tra được phê duyệt. 

Việc Thanh tra Chính phủ quyết định thanh tra Bộ Y tế xung quanh việc cấp phép nhập khẩu thuốc, cấp giấy đăng ký lưu hành thuốc đối với 7 loại thuốc do Công ty Helix Pharmaceuticals Ins., Canada sản xuất và việc trúng các gói thầu cung cấp thuốc cho các bệnh viện của Công ty cổ phần VN Pharma được dư luận xã hội và người dân đặc biệt quan tâm và mong chờ. Bởi lẽ 7 loại thuốc mà VN Pharma nhập khẩu bị giả mạo hồ sơ đều là dạng bào chế tiêm truyền tĩnh mạch có tác động, ảnh hưởng lớn tới sức khỏe, tính mạng của người bệnh, gồm: H2K Cirprofloxacin 200mg (hoạt chất Cirprofloxacin 200mg/100ml), H2K Cirprofloxacin 400mg (hoạt chất Cirprofloxacin 400mg/200ml),  H2K Levofloxacin 250, 500 và 750mg (hoạt chất Levofloxacin 250, 500 và 750mg/100ml), H- Cipox 200 (hoạt chất Cirprofloxacin 200mg/100ml) và H-Levo 500 (hoạt chất Levofloxacin 500 mg/100m. Các thuốc này có đăng ký lần lượt từ VN-17877-14 đến VN-17883-14, trên hồ sơ đều do Công ty Helix Pharmaceuticals Ins., Canada sản xuất, VN Pharma nhập khẩu.

Trước đó, phiên tòa xét xử vụ án làm giả giấy tờ và buôn lậu hơn 9.300 hộp thuốc ung thư giả H-Capita 500mg tại VN Pharma kết thúc cuối tháng 8 vừa qua đã có nhiều nghi vấn cần được làm rõ. Trong đó, vấn đề nổi lên được dư luận cả nước đặc biệt quan tâm là việc phải làm rõ trách nhiệm của Cục Quản lý dược và Bộ Y tế cùng những cá nhân đã tiếp tay cho VN Pharma. Và còn bao nhiêu loại thuốc kém chất lượng đã được VN Pharma nhập lậu, rồi trúng thầu vào các bệnh viện trong cả nước, gây thiệt hại nghiêm trọng cho người bệnh. Bởi lẽ, VN Pharma chỉ sau 3 năm ra đời đã có doanh thu tới cả ngàn tỷ đồng với hàng loạt gói trúng thầu cung cấp thuốc cho bệnh viện. Điều gì đã giúp cho VN Pharma có được sự tăng trưởng “phi mã” như vậy, nếu như không bằng các thủ đoạn làm ăn phi pháp và sự “chống lưng” của một số người có chức, có quyền?

Liên quan đến vụ án VN Pharma, mới đây Viện Kiểm sát nhân dân cấp cao tại TPHCM đã có kháng nghị đề nghị Tòa án nhân dân cấp cao xử phúc thẩm vụ án theo hướng hủy án sơ thẩm để điều tra, xét xử lại vì vụ án chưa được điều tra một cách toàn diện, có dấu hiệu bỏ lọt người, lọt tội, ngoài ra còn phải giám định lại và xử lý vật chứng. Đặc biệt, kháng nghị của Viện Kiểm sát nhân dân cấp cao tại TPHCM đề cập đến trách nhiệm của các cá nhân liên quan đến việc thẩm định hồ sơ, cấp phép nhập khẩu lô thuốc H-Capita 500mg cho VN Pharma.